L'Université a mis en place quatres Centres de grandes ampleurs qui mettront le matériel scientifique et le savoir faire des compétences de l'Université au service du développement régional et national. Il s'agit de :
- Centre d'Analyse et de Caractérisation (CAC)
- Centre National d'Etudes et de Recherches sur l'Eau et l'Energie
- Centre National d'Etudes et de Recherche sur le Sahara
- Observatoire universitaire d'Astronomie Cadi Ayyad
Ces quatres centres sont dédiés au développement des régions d'implantation des établissements de l'Université (Marrakech Tensift Al Haouz et Doukkala Abda) qui sont en plein essor économique. L'UCA en tant que pôle universitaire de rayonnement sur l'ensemble des ces régions, entend jouer un rôle central dans la planification et le l'exécution des nouvelles orientations de développement en cours.