L'UCA, comme toute université marocaine, est un établissement public, relevant du Ministère de l'Enseignement Supérieur, de la Recherche Scientifique et de l'Innovation dirigée par le Président de l'Université, aidé par des services administratifs et instances issues du Conseil de l'Université.

L'organigramme de la Présidence de l'Université Cadi Ayyad est le suivant :

L'Université est gérée administrativement par trois instances :

Le Conseil d'Université (CU)

Il délibère sur toutes les questions relatives aux missions et à la bonne marche de l'université.

Le Conseil de Gestion (CG)

Il est chargé des questions administratives et financières.

Le Comité de Direction (CD)