Dans son volet pédagogique, la réforme a adopté le système LMD (Licence, Master, Doctorat), appelé aussi système 3-5-8 par référence aux durées prévues pour préparer les différents diplômes. Ce nouveau système pédagogique, adopté par de nombreux pays de part le monde, prévoit des formations organisées en cycles, filières et modules. Les modules sont des unités de formation capitalisables.
Sur le plan pédagogique, le nouveau système d'enseignement est basé sur les concepts suivants :
- Une organisation des enseignements en filières, semestres et modules, des contrôles continus et des examens réguliers;
- Des passerelles entre filières, établissements et universités;
- Des modules de langues, de communication et d'informatique tout au long du cursus universitaire;
- L'instauration d'un mécanisme d'orientation et de réorientation tout au long du projet de formation;
- Des modules de formation à caractère général et à caractère professionnel;
- Préparation à l'insertion dans l'environnement socio-économique.
Pour mieux comprendre son fonctionnement, voir l'architecture pédagogique globale.